基因连锁指位于同一条染色体上的非等位基因在减数分裂中倾向于不分离、共同进入同一配子的现象。连锁程度由基因间图距决定：距离越近，重组率越低。【示例】例如，玉米籽粒颜色基因 $C$（有色）与形状基因 $Sh$（饱满）位于同一条染色体上，测交后代中亲本型（$CSh$ 和 $csh$）占 96.4%，重组型（$Csh$ 和 $cSh$）仅占 3.6%。适用：两对基因位于同一染色体且距离较近时；不适用：基因位于非同源染色体或距离极远（重组率≈50%）时。
原因分析：
忽略了减数分裂中同源染色体非姐妹染色单体可能发生交叉互换，导致基因重组。
正确做法：
只有距离极近的基因才表现为完全连锁，多数情况下为不完全连锁，重组率介于 0~50% 之间。
错误做法：
认为所有位于同一条染色体上的基因都完全连锁，不会发生重组。
原因分析：
重组率是交换后产生重组型配子的比例，但一次交换只涉及一对非姐妹染色单体，且双交换可能使重组率偏低。
正确做法：
重组率 ≤ 交换率/2，只有当基因间距离较小时，重组率才近似等于交换率。
错误做法：
将重组率直接等同于交换率，认为重组率 50% 就是自由组合。
上海高考（秋考）常以果蝇或玉米为材料，通过测交后代数据考查连锁与重组率的计算，题型多为选择题（约 4 分）或解答题（约 8 分）。命题逻辑在于：先给出亲本基因型与测交结果，要求考生判断连锁关系并计算图距，再结合减数分裂解释重组型产生的原因。趋势是增加对交叉互换过程的图解分析，以及多基因连锁图谱的构建。